Đứng đầu là Viện trưởng, người chịu trách nhiệm tổng thể về chiến lược và thực thi các nhiệm vụ cốt lõi, từ nghiên cứu khoa học đến tổ chức sự kiện văn hóa. Với hơn một thập kỷ kinh nghiệm trong lĩnh vực bảo tồn di sản, Viện trưởng đã dẫn dắt Viện vượt qua các thách thức, như lập hồ sơ di sản phi vật thể và triển khai dự án hỗ trợ cộng đồng. Hỗ trợ Viện trưởng là ba Phó Viện trưởng, mỗi người chuyên trách một mảng then chốt: Phó Viện trưởng Kinh tế tập trung vào phát triển bền vững và hợp tác tài chính; Phó Viện trưởng Pháp luật đảm bảo hành lang pháp lý cho bảo tồn; trong khi Phó Viện trưởng Quản lý điều phối các hoạt động hành chính và nhân sự. Những vị lãnh đạo này đều là các chuyên gia có bằng cấp cao, với kinh nghiệm làm việc tại các tổ chức quốc tế, giúp Viện mở rộng mạng lưới hợp tác với đối tác khu vực.
Bên cạnh đó, Chủ tịch Hội đồng Quản lý Viện đóng vai trò giám sát chiến lược, đảm bảo sự đồng bộ giữa nghiên cứu và chính sách quốc gia. Chánh Văn phòng, với vị thế then chốt, hỗ trợ lãnh đạo trong điều phối hàng ngày, từ quản lý dự án đến báo cáo khoa học. Đội ngũ lãnh đạo này không chỉ giỏi chuyên môn mà còn nhấn mạnh vào đào tạo thế hệ trẻ, thông qua các chương trình giáo dục cộng đồng và hội thảo quốc tế. Các nguồn tin nội bộ cho biết, dưới sự dẫn dắt của ban lãnh đạo, Viện đã tổ chức thành công nhiều sự kiện lớn, góp phần nâng cao nhận thức về di sản văn hóa.
Với tầm nhìn chiến lược, lãnh đạo Viện cam kết đổi mới, kết hợp công nghệ hiện đại vào bảo tồn truyền thống. Điều này không chỉ giúp Viện vượt qua thách thức toàn cầu hóa mà còn mở ra cơ hội để văn hóa Việt Nam tỏa sáng trên bản đồ thế giới. Các chuyên gia văn hóa đánh giá cao sự lãnh đạo này, coi đó là yếu tố then chốt cho sự phát triển bền vững của Viện trong tương lai gần.
